In ~/Library/Application Support/Devonthink Pro 2/ liegt ganz sicher eine Inbox. Selbst wenn du sie gelöscht hast, wird sie beim nächsten Start von DT wieder angelegt

Die Datenbanken selbst haben die Dateiendung .dtBase2.. Wo du die abgelegt hast, kannst allerdings nur du wissen. Und diese Datenbanken können sowohl von DT3 als auch DT 2 geöffnet werden (wobei es nicht zu empfehlen ist, DT 3 und 2 parallel zu nutzen)

Files.noindex stammt auf dem Paketinhalt dieser Datenbank - hier hast du eigentlich nichts drin verloren (ohne Gefahr, dir gehörig was zu zerschießen)