Die Datenbank ist das eine, der Inhalt ist mit Sicherheit in DT2 der gleiche wie in DT3. Das andere: DT2 und DT3 nutzen unterschiedliche Globale Inboxen. Ich nehme an, dass du dich davon verwirren lässt. Datenbank ist jedenfalls nicht gleich Globale Inbox, auch wenn die einzelnen Datenbanken datenbankspezifische Inboxen haben - aber davon spreche ich nicht

Die Inbox von DT2 liegt hier:
~/Library/Application Support/DEVONthink Pro 2/

die von DT3 hier:
~/Library/Application Support/DEVONthink 3/

Wenn die Inbox von DT 2 nur Dokumente (z.B. bis Mai) enthält, kannst du diese in DT3 nicht sehen - es sind halt unterschiedliche Inboxen. Du kannst diese Inbox jedoch aufsuchen und wie eine Datenbank behandeln, d.h. du kannst sie in DT3 öffnen und dort in eine andere Datenbank (oder die Globale Inbox von DT3) schieben