Zum einen liegt es an der Formatierung der Zielfestplatte, wenn diese Casesensitive ist dann geht es mit dem Backup in der Regel gut.
Zum anderen ist es ein Programm Namens App Delete & Uninstaller, dieses erzeugt einen korrupten Pfad und damit kommt TM auch nicht klar.
Tja, wir befinden uns sozusagen noch in der Betaphase
Alles einzulesen hier:
https://discussions.apple.com/thread/8561149?start=105&tstart=0