Wenn normal über iTunes, werden nämlich nur die aufgenommenen Fotos übertragen. Auf dem iPhone angelegte Alben nicht. Ist eine Frechheit, aber Alben werden nur über die iCloud synchronisiert. Das wäre eine Erklärung, dass mit Snapseed bearbeitete Fotos nicht übertragen werden, da die in einem eigenen Album liegen.

Hast Du für die mit der Fotos.App bearbeiteten Fotos ebenso ein Album angelegt? Das wäre die Erklärung, warum diese dann auch nicht synchronisiert werde.

Falls das so ist, geht es nur manuell. Wie schon vorgeschlagen per Airdrop oder PhotoSync (bei ganzen Alben sinnvoller).

Wenn die Sync aber schon über iCloud läuft, läuft da was schief und ich würde versuchen, dem Problem näher zu rücken, auch wenn Du hier keine Antwort findest.