... die haben einen (kleinen) Anteil an der Größe (MKV größer) aber nicht an der Qualität. Die Qualität bestimmt sich durch den Codec und seinen Einstellungen. Alleine aus Gründen der Kompatibilität wäre aber MP4 vorzuziehen. Da wir hier deine Anforderungen aber nicht kennen, einfach mal nach "mp4 mkv" googeln, die Unterschiede werden zahlreich beschrieben.