Sind beides nur Container, die Audio, Video etc. zusammenfassen.

Die Qualität hängt davon ab, wie Audio und/oder Video codiert wurden (Codec, Bitrate, …), was völlig unabhängig vom Container ist.

Je nach Nutzergruppe ist das eine oder andere Format verbreiteter. Die praxisrelevantere Frage ist eher, was unterstützten die eigenen Abspielgerät. Da man als Apple-Nutzer ohne Zusatzprogramme mkv nicht abspielen kann, ist mp4 wahrscheinlich die bessere Wahl.