Mir ist so ein Tool mit all diesen Anforderungen nicht bekannt.
Reine Audioconverter gibt es viele, aber mit Erkennung Ordnerstruktur kenne ich keinen einzigen.
Stereo auf Mono dürfte man auch von Hand machen müssen und zudem geht sowas u.U. nach hinten los, falls die Stereodateien nicht monokompatibel sind. Das kann sehr "lustig" klingen.
Stapelverarbeitung a la Photoshop ist im Audiobereich nicht wirklich üblich.
Google mal nach Stapelverarbeitung Audio files oder batch converter.
Vielleicht gibt es doch irgendeine exotische Softwareschmiede mit sowas...