Ehrlicher Tipp: Kaufe für den Mini interne Platten die für den Server Betrieb (7x24) geeignet sind. Oder erweitere besser extern.

Ansonten würde ich beim Austausch so vorgehen:

1. bestehende Installation sichern und Backup in Schrank stellen
2. Von einem externen System booten und das interne Raid auflösen (=löschen). Dann hast Du wieder zwei einzelne Platten mit den Daten. (ich gehe von einem RAID 1 aus)
3. Alte Platten raus, neue Platten rein.
4. Von einem extenen System booten und die neuen Platten als RAID 1 konfigurieren
5. Die alte Installation von einer der Platten auf das neue RAID clonen.
6. Reboot
7. Fertig!