Ich habe hier Synology im Einsatz.

Und bin auch sehr zufrieden.
Was den Fileserver angeht, habe ich gute Erfahrungen. Ein Time Machine Backup ist problemlos möglich.
Den Webserver habe ich noch nicht näher getestet. Das will ich aber noch mal machen, wenn Zeit ist. Bisher läuft nur Baïkal darauf für CalDAV und CardDAV.
Ich würde aber auch eher auf ein 4-Bay-Gerät gehen. Dann ist man flexibler und bei einem gescheiten RAID auch sicherer vor Festplattenausfall.
Ich weiß auch nicht, ob es sinnvoll ist, die HDs zu trennen, wie Du vorschlägst. Ich habe alle Platten zusammen im "Synology Hybrid Raid" und dann halt verschiedene Ordner freigegeben.
Ich hatte schon mal einen Festplattenausfall. Da ist es wirklich total stressfrei: kaputte Platte raus, neue rein und alles lief wie gewohnt weiter. OK, das Gerät hat einige Zeit gebraucht, um die Redundanz wieder herzustellen, aber das läuft ja von den Clients unbemerkt im Hintergrund.
Genauso einfach kann man auch die Gesamtkapazität des NAS durch Austausch der Platten im Betrieb erweitern.
Ich denke nicht, dass Du mit Synology oder QNAP etwas falsch machen kannst.
Achte vielleicht auf Hotswap und schnelle Anschlüsse für externe HDs - USB 3.0 oder eSATA für das obligatorische Backup.
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Gruß

Skipper