in Aperture kannst du entweder die Bilder inkl allen VErbindungen (in deinem Falle die Jpegs) löschen

oder eben auch nur die ausgewählten Bilder. Geht das in Photo echt nicht?

Wenn du aber die Jpegs hast und diese wieder in Photo importierst, nachdem du deine RAW gelöscht hast, sollte es doch klappen