Schlussendlich gelöst.

Mittels Dienstprogramm die Daten/User-Partition auf die neue HD kopiert, mittels CCC das System dazu geklont - dann zur Sicherheit nochmals das OS aus dem AppStore installiert, klappt alles einwandfrei - und nun macht FileVault auch Sinn, denn die Programme zu verschlüsseln, die User-Daten jedoch nicht ist irgendwie verkehrt herum.