1. Die Partitionen zusammenführen.

2. Die ganzen Pfadangaben, die irgendwo rumfliegen, von irgendwelchen Diensten, Programmen, etc. genutzt werden, anzupassen.

Aus dem Bauch heraus würde ich sagen: Vergiss es, das bekommst du - wenn überhaupt - nur mit viel Aufwand und händischen Anpassungen hin.

Ich würde auf der SSD ein identisches System installieren, selben Benutzer anlegen und dann von Hand kopieren. Das ist weniger Aufwand als man denkt und dann klappt das auch.