Welchen Unterschied soll es denn zwischen dem selbst installiertem und dem vorinstallierten System geben?

Da ist keiner. Also direkt starten.

Was ich allerdings mache: ich ziehe nicht durch den Migrationsassistenten um, sondern installiere App für App neu und hole mir die Benutzerdaten dann über das Netzwerk "rüber". Wenn beide Rechner im lokalen Netz sind, kannst du über die Dateifreigabe bequem auf den alten Rechner zugreifen. So ziehe ich Stück für Stück um und Dateileichen werden erst gar nicht kopiert.
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Grüße, M@rtin