Also Files, die über iCloud mal synchronisiert wurden?

Wenn ja, ist es das Beste, sie direkt im Browser unter icloud.com zu löschen.

Was auch sein kann ist, dass bei den Files das Hidden-Flag nicht gesetzt ist. Die zu löschenden Files werden unter iOS nicht direkt gelöscht, sie werden erstmal nur für den User auf nicht sichtbar gesetzt. Das kann man schön sehen, wenn man z. B. iCloud nutzt, das Verzeichnis aufruft und sich dort die nicht sichtbaren Files anzeigen lässt. Da tauchen dann Berge von Ordnern und Files auf, die man schon längst vergessen hatte.

Wenn das das Problem ist, dann gibt es dazu aktuell keine Lösung. Unter ipadOS wird das Filehandling besser, aber irgendwie fehlt da bisher das passende iClod-Gegenstück zu.