Wenn du das Backup auf deinem Mac machst (es geht natürlich mit jedem Mac, nicht nur iMacs...), dann unbedingt verschlüsselt.

Und wenn du mit TM den Mac sicherst, wird auch das Backup vom iPad im TM gesichert.

Aber: Es werden nur Einstellungen und die Daten der Apps gesichert, nie die App selbst. Auch nicht die aus dem iTunesStore erworbenen Inhalte. Diese werden nach einer Wiederherstellung immer direkt aus dem AppStore bzw. iTunes Store geladen. Das solltest du wissen!

Und nein, weitere Backup-Apps gibt es nicht. Da jede App in seinem eigenen Speicherbereich arbeitet und auf keinen Fall Zugriff auf die Speicherbereiche andere Apps hat (Sicherheitsmerkmal, Stichwort Sandbox), könnte einen solche App auch nicht die Daten anderer Apps sichern.

Ich halte es daher für wichtig, wenn man seine erstellten Dokumente besser in der iCloud (oder anderen Server wie OnDrive) sichert. Geht was schief mit iPad (oder iPhone), sind die Daten weg, wenn sie nur lokal auf dem Gerät wären.
----------
Grüße, M@rtin