Ich habe den letzten abschnitt hier [apple.com] nochmal durchgelesen und festgestellt dass
a) sich das nicht nur auf gekaufte books bezieht und
b) das das einzige war was ich neulich gemacht habe was ich sonst nie mache: ich habe auf dem iPhone zwei PDFs (einmal vom browser und einmal aus mail (attachment)) in iBooks auf dem iPhone gespeichert.

Tja und das kapiert iTunes scheinbar nicht oder es versucht die dateien die schon per iCloud auf dem Mac synchronisiert wurden zu überschreiben oder was-weiss-ich. Jedenfalls: die zwei PDFs auf dem iPhone gelöscht: no more Error -54.

go me!
f*** iTunes!