Kommt sicher auf den Einzelfall an, aber ggf. ist es für Deine Geschichte passabel, die einzelnen Seiten jeweils als Dokument anzulegen, lt. Adobe können die Dokumente dann einzeln verpackt werden:
»Ein Vorteil von Buchdateien besteht darin, dass Sie ausgewählte Dokumente oder das gesamte Buch mit nur einem Befehl – für Drucken, Preflight, Verpacken oder EPUB- oder PDF-Export – ausgeben können.«
https://helpx.adobe.com/de/indesign/using/creating-book-files.html

Aber zugegeben, ich habe noch nie mit einer Buchdatei gearbeitet, also alles nur theoretische Überlegungen. Aber vielleicht hilft es ja.