Nun ja...

... wenn die Fragezeichen auf Dateien verweisen, die nicht mehr existieren,
dann weisst die unterschiedliche Kapazität womöglich auch darauf hin, dass
was fehlt oder ins Nirvana zeigt.
Bei solchen Sachen, die man gar nicht einordnen kann, würde ich zuerst immer
den Klassiker empfehlen, Shift-Neustart. Dabei wird die Platte geprüft und so
mancher Pflegedienst gestartet. Hat man das schon lange nicht mehr gemacht,
oder gar noch nie, besteht eine gute Chance die Sache damit zu beheben.
Einen Versuch ist es wert, sonst muss man konkreter forschen.