Hatte das Problem auch schon, meine Lösung: den Stand sichern, den man behalten will, dann alles Löschen und Sync neu starten

EDIT: Sorry, habe statt "Leseliste" "Lesezeichen" gelesen
Die grundsätzliche Vorgehensweise ist aber vermutlich ähnlich – du musst einmal alles komplett löschen und dann neu befüllen.


1)
Erstmal die Aktuellen Lesezeichen auf dem Hauptrechner exportieren (Safari Menue Ablage > Lesezeichen exportieren), dann iClod-Sync aus, dann alle Lesezeichen (lokal) löschen.
2)
Das auch auf dem iPad: von iCloud abmelden, alle Lesezeichen lokal löschen
3)
Hauptrechner: iCloud-Sync wieder an. Dann kommen erstmal die ganzen uralt-Lesezeichen wieder, die nochmal löschen. Damit ist dann Safari wieder "clean" sowohl lokal als auch in iCloud. Sicherheitshalber zwischendrin und hinterher mal (mindestens) Safari neustarten.
4)
Jetzt erst die exportierten Lesezeichen wieder importieren (Safari Menue Ablage > Importieren von... > Lesezeichen-HTML-Datei). Damit müsste jetzt auch iCloud mit dem korrekten Stand befüllt werden, bzw. das ist der Stand, den Du jetzt editieren / aussortieren kannst, und der sich auf alle Geräte verteilen wird.
5)
iPad iCloud-Sync wieder aktivieren, jetzt müssten die (lokal leeren) Bookmarks wieder von der Cloud aus befüllt werden.

(Hoffe das stimmt noch so, ist etwas her, dass ich das zuletzt gemacht habe)

Der Sync wird in Zukunft trotzdem weiter in beide Richtungen funktionieren, also wenn Du ein Bookmark auf dem iPad dazu fügst taucht es auch auf dem mac auf, wenn du es auf dem Mac umsortierst wird das auch auf dem iPad so passieren.