Aber ich bin schon fast froh darüber, dass ich nicht der einzige mit dem Problem bin.
Allerdings muss man zwischen Nachrichten.App und daher darin Nachrichten und „Mitteilungen“ von Apps in diversen Bildschirmen oder als App Badge unterscheiden.

Bei mir sind Nachrichten in der App während der Migration verloren gegangen. Warum? Keinen Schimmer, ist zuvor bei einer Migration niemals passiert und ich hab es immer gleichartig über iTunes gemacht.

Mitteilungen von Apps als Badge oder im Sperrbildschirm sind allerdings auch perdu. Z.B. bei Instagram hab ich es bis heute nicht hinbekommen, dass jemals ein Badge an der App erscheint. Mitteilungen davon im Gegensatz schon.

Auch eine Wiederherstellung und anschließendes einspielen des zuvor erstellten Backups hat nichts geändert. Außer dass ich anschließend wieder eine halbe Stunde die Einstellungen von iCloud putzen musste, was inzwischen fast Standard ist. Man bekommt das Gefühl, dass wenn man sich nicht auf Gedeih und Verderb zu 100% auf alles von Apple einlässt man durch automatische durchgeführte Einstellungen dazu gezwungen werden soll. Ich muss zugeben, dass mich das jedesmal ziemlich aggro macht.