Ich hoffe du meinst mit "meines obersten Ordner Verzeichnis" deinen Benutzer-Ordner

Die Fehlermeldung deutet darauf hin, dass mit dem iCloud-Sync etwas nicht in Ordnung ist. Ich würde für Safari den sync ausschalten, die bookmark.plist aus dem Ordner herausziehen und den sync wieder einschalten.
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Gruss

Stefan