Dann hast du aber im E-Mail-Programm eingestellt, dass sie abweichend vom normalen POP-Verhalten nicht vom Server gelöscht wird.

Ich kenn das nur so, wie es z.B. auch hosteurope beschreibt:

Was ist der Unterschied zwischen POP und IMAP?

Beim POP3-Verfahren werden Nachrichten durch ein Mailprogramm vom Server kopiert und anschließend (im Regelfall) auf dem Server gelöscht.
IMAP dagegen speichert Mails auf dem Mailserver, das Mailprogramm zeigt diese aber nur an.

Hinweise zu POP3:
Mails können auch auf dem Server belassen werden (Einstellung im Mailprogramm), allerdings ist keine Ordnerverwaltung auf dem Server möglich.