Wenn man die Hilfe zu FAT aufruft, kommt jedenfalls:

Windows-kompatible Formate
Wähle eines der folgenden Windows-kompatiblen Dateisystemformate aus, wenn du eine Festplatte für die Nutzung mit Windows formatieren willst.

MS-DOS (FAT): Dieses Format wird für Windows-Volumes mit einer Größe von 32 GB oder weniger verwendet.

ExFAT: Dieses Format wird für Windows-Volumes mit einer Größe von mehr als 32 GB verwendet.


Daraus könnte man schliessen, dass über 32GB mit FAT (ich nehme an das ist FAT32) ein Problem sein könnten.
Versuch doch mal probeweise aus dem Stick zwei 32GB Partitionen zu machen.