1. Du hast, während das Cloning lief, mit dem Source-Rechner weitergearbeitet - das kann (aber muss nicht) zu solchen Effekten führen. Die Source wird dabei ja verändert, während sie gleichzeit kopiert wird und das kann ungut ausgehen. Also während das Backup läuft vorzugsweise "hands-off"!

2. Die Source-Platte bzw. das Verzeichnis/das System ist fehlerbehaftet. Irgendwie läuft das noch und du kannst damit auch starten, aber bei einem Klon funktioniert es dann eben doch nicht mehr. Wenn die Source nicht APFS-formatiert ist, könnte in diesem Fall eine Reparatur der Source z.B. mit DiskWarrior die Lösung des Problems darstellen. Und/oder versuchen den problematischen Klon mit DiskWarrior wieder flott zu kriegen.