Hast Du unter Servereinstellungen die Checkbox "Verbindungseinstellungen automatisch verwalten" vielleicht angehakt?

Die iss standardmäßig ja für IMAP und SMTP aktiviert. Evtl mal deaktivieren. Damit hat nämlich Apple Mail freie Hand. Sprich auch wenn man wie in deinem Fall genau weiss was man einträgt kann Mail hinter den Kulissen trotz allem andere Einstellungen verwenden, die es selbst für "richtiger" hält.