Lösch die POP Konten und richte Dir deine Mail Accounts neu als IMAP ein.
Dann den alten Mail Ordner auf die neue Mail.app droppen und anschließend per drag&drop die lokal importieren Ordner einzeln nacheinander auf die IMAP Konten verteilen.
Dann wird deine Maschine ein Weilchen dran rödeln und dein Upstream wird ziemlich dicht sein.
Anschließend bist du aber mit Mail in der Gegenwart angekommen und musst in Zukunft nichts mehr ex- und importieren.