In FinalCut ProX kannst Du Stereo in Dual-Mono wandeln, in Compressor kannst Du Audioeffekte hinzufügen ...
... dann müsste die kaputte Spur gelöscht werden können. Auf das Bild sollte das keinen Einfluss haben. Es sei denn, das Rendern der MP4- (komrimierten) Datei an sich.