Macht einen PRAM Reset, danach im User Single modus fsyk ausführen, danach neu starten und den Rechner auf jeden Fall über Nacht anlassen, die Festplatte rödelt auch sehr lange und immer wieder, wie es scheint werden da Daten geschrieben, es hängt auch mit Spotlight zusammen, wenn ihr noch weiter warten könnt den Index neu aufbauen.
Es dauert wirklich lange ich habe ca. 1,6 TB, hat alles in allem ne Woche gedauert, jetzt macht er wieder fast wie er soll, das Update wird aber sehnsüchtig von vielen erwartet.
Ein grosser Wurf war Mojave bis jetzt nicht, hängt sicher auch mit APSF zusammen, TimeMachine läuft nun auch auf caseinsensitiv formatierten Festplatten, gibg erst auch gar nix, bei 4 Stück.

Hier ein Bericht wo einiges zu erfahren ist:
https://discussions.apple.com/message/34045550?ac_cid=tw123456#34045550