Weil ich mich gefragt habe, wie man das iCloud Backup in den angelegten Boxcryptor Container bekommen könnte, weil es ja so gar keine Möglichkeiten gibt, im iOS Ziele fürs Backup festzulegen, habe ich einfach den Boxcryptor Support angeschrieben. Deren Aussage nun:

"Leider kann man das iOS iCloud backup nicht mit Boxcryptor verschlüsseln, weil die Daten nicht "lokal" zur Verfügung stehen und direkt in der Cloud gespeichert wird."

Boxcryptor eignet sich für die Ende zu Ende Verschlüsselung des iCloud Drives.