Das passiert nicht sofort, ich hatte zunächst auch gedacht vielleicht reicht das einmal aus- und wieder an zu machen, aber nach einer Zeit (also nach den x-ten Speichern ohne Warnmeldung) war die Warnung wieder da (danach wieder ein paar mal nicht).

Meine Vermutung: das macOS geht von zeit zu zeit durch die Dateien und verschlimmbessert "optimiert" was. Speichert man aus Illustrator vor dem "optimieren" kommt keine Meldung (warum auch), danach hat sich die Datei in der tat ausserhalb von Ilustrator verändert und darauf weist der mich dann auch hin.