Die DVD mit dem Apple DVD Player abspielen (den Ordner auf der Platte über das Ablagemenü im Apple DVD Player öffnen), bei jeder Folge das erste und letzte Kapitel kurz anspielen und anhand des Navigators die Kapitelnummer ablesen und so notieren, von welchem bis welchem Kapitel eine jeweilige Folge geht, also z.B. Folge 1 ist Kapitel 3 bis 14, Folge 2 Kapitel 15 bis 26, etc.

Dann in Handbrake als 3 separate Jobs kodieren, jeweils mit den korrekten Kapiteln.

Mühsam, aber so gehts.