... aber geh' doch mal die Reiter durch, ob du nicht irgendwo Teile/Folgen/Kapitel auswählen kannst.
Wenn Handbrake das erkennt, müsste das auch wählbar sein.
Ansonsten, klick' die Quelle mal mit der rechten Maustaste an und schau' womit sich das noch öffnen lässt.
Vielleicht klappt ja QT und du kannst dort die Teile wählen und separat speichern.
Da musst du wohl etwas experimentieren. Viel Glück.