Ich hatte hier zuerst beide Versionen der Programme aufgrund gleicher Bedenken behalten. Meine Dateien sind vermutlich weniger komplex als deine, aber ich kann sie ohne Probleme mit den aktuellen Versionen bearbeiten, weshalb ich die alten Programm-Versionen ziemlich bald gelöscht habe. (Das wird so auch in den entsprechenden [Apple-]Diskussionsforen kommuniziert.)
In den aktuellen Versionen gibt es diverse Features, die die Subskription von Apple Creator Studio erfordern, das nervt anfangs beim Ausprobieren ein wenig, aber weil diese Features bzw. ihre Icons farblich abgesetzt sind, kommt man schnell damit zurecht.
Also, ja: Man kann beide Versionen parallel laufen nutzen. Und deine Sorge, dass nicht mehr alles funktioniert, ist m.E. unbegründet.