Als was für ein EPS schreibst du das denn überhaupt raus? "Illustrator-Kompatibel" oder (möglichst) pures EPS/PS?

Wenn du "Version: Illustrator 8" wählst wird mehr oder weniger pures PostScript geschrieben, ohne irgendwelche Illustrator-Extras, die im EPS-Dateiformat nicht vorgesehen sind.

Würde mich nicht wundern, wenn Arbeitsfarbraum-Zuweisung davon abhängt, was Illustrator da in "private data sections" innerhalb der EPS-datei schreibt bzw. findet. Ein reiner PS-Interpreter ignoriert diese Sektionen, aber Illustrator sucht sucht danach und interpretiert sie, möglicherweise von Version zu Version verschieden.