wenn Du das auf Client-Seite machst, klappt das ja auch nur wenn Du die Emails immer mit dem gleichen Programm und Gerät runterlädst.

Ich würde zumindest die grundlegenden Filter nicht auf Email-Client-Seite, sondern direkt beim Email-Provider machen. Die meisten Provider haben ja ne Webmail-GUI, wo man dann auch Filter setzen kann. So wird direkt beim Eingehen von Mails auf Server-Seite gefiltert und es passt gleich auf jedem Gerät und Client.

Erfordert aber natürlich, daß man komplett mit IMAP arbeitet und nicht mit POP3, damit alle Ordner sowohl online als auch auf Deinen Geräten existieren. Wenn Du per POP3 immer alles runterlädst und nicht der Provider-Mailserver der Master ist, wird das eher nix.