Ich hatte gerade ein ähnliches Problem...

Konnte keine Farben mehr zuweisen oder ändern. Zusätzlich ist ein Objekt, welches ich anklicke, jedes mal paar Millimeter verrutscht. In drei verschiedenen InDesign Versionen. Alles durch wie Du, Cashes gelöscht, Preferenzen gelöscht, deinstalliert, installiert...

Was war? Ich hatte gestern nebenbei das neueste macOS Sonoma installiert und gar nicht mehr auf dem Schirm gehabt. Das war es aber nicht. Es ist das Finder Tool "Magnet". Reproduzierbar. Beende ich es, klappt alles, öffne ich es, kommt es zu diesem Verhalten. Da muss man mal drauf kommen...