Also erstmal scheinst du gerade die bildschirmdarstellung eines PDFs (in welchem Programm?) mit einer bildschirm(vorschau)darstellung einer indesign-Datei zu vergleichen.

In welchem Farbraum ist die Indesign-Datei angelegt (RGB oder CMYK)? Mit welchem Farbprofil? Wie wurde die Referenz-PDF rausgeschrieben? In welchem Farbraum, mit welchem Farbprofil? Wurde beim PDF rausschreiben eine Konvertierung vorgenommen (RGB zu CMYK oder RGB zu RGB oder CMYK zu CMYK)? Wenn ja, wie? Und was für eine PDF ist das überhaupt? Eine X-3 oder X-4 Druckstandard-PDF? Oder irgendwas in RGB mit „kleinste Dateigröße“?

Und was ist denn überhaupt der Zweck der PDF? Soll sie als Grundlage für den Druck dienen (dann wär eine CMYK-PDF mit für den Druck-Farbraum vorkonvertierten Farben angebracht, kann nur sein, dass nicht alle PDF-Reader die Datei korrekt darstellen (und die Datei wird deutlich größer). Oder soll die PDF eigentlich nur per Mail verschickt werden? Dann empfiehlt sich gleich eine RGB-PDF rauszuschreiben (und die InDesign-Datei auch so anzulegen).

Ich würde die PDF mal in Acrobat Pro aufmachen und schauen, was es eigentlich für eine ist. Dann aus InDesign genau die selbe Sorte PDF rausschreiben und IN ACROBAT die beiden PDFs vergleichen (nicht idd und pdf).