Hier :-)

Vornweg: Ich habe keine bessere Alternative gefunden.

Zur Aktivierung: In InDesign automatisch aktivierte Schriften werden beim Beenden wieder deaktiviert. Das Deaktivieren kannst du umgehen, indem du die Schriften vorher manuell aktivierst.
Den Haken bei "Temporär aktivierte Schriften beim Beenden deaktivieren" hast du rausgemacht, s.u.?

Nach einem Start im Secure Mode sind Schriften gern mal deaktiviert, auch wenn sie manuell aktiviert wurden. Warum, weiß ich auch nicht. Aber so oft muss man ja auch nicht im Secure Mode starten …