So, für die, die es interessiert, ein kleines Update:
Ich habe noch ein wenig recherchiert.
Die von mir mit Cover versehenen files haben das Cover in die Datei integriert - Apple hat aber beim Hinzufügen der Cover die Grafiken wohl nur verlinkt. Da diese verlinkten Bilder kryptisch benannt sind, müssen sie wohl als verloren gelten - wenn ich wieder Coveransichten haben möchte, muss ich die wohl manuell ergänen, ist die einhellige Meinung diverser Mitleidender.
Bleiben nur die Fragen nach der Synchronisation zwischen iPhone und „Musik“ bzw. Mac: wie spielen „Musik“ und der Finder da zusammen? Ist es normal, dass Musik-Dateien synchronisiert (und damit ggf. gelöscht) werden, auch wenn ich bei Musik kein Häkchen setze?

Und sorry, dass ich das werte Forum mit meinen Problemen belästige - mir ist bewusst, dass 95% von Euch ihre Musik streamen und zudem ihre Geräte über die (i-)Cloud synchronisieren; die paar Exoten, die wie ich noch CDs kaufen und per USB-kabel syncen, habe sich jedenfalls hier noch nicht geoutet oder tummeln sich woanders…
Ostergrüße aus dem Norden!