Im Terminal das Kommando

find /Volumes/NamedesUSBStick/ -name ".*" -type f -exec rm {} \; -print

Dürfte alle Dateien löschen die mit einem Punkt anfangen (also unsichtbar sind) und mit eins, keins oder einer beliebiger Anzahl von Zeichen enden. Dafür steht das * - Tipp: Teste das mal mit einem USB Stick vorher.