1)
erstmal alle Ordner, die irgenwie Bilder enthalten sichern auf eine externe Platte. Am besten mit der selben Hierarchie, natürlich ohne nicht benötigtes. Damit (sollte doch irgendwas unabsichtlich gelöscht worden sein oder sie weiß "das Bild war doch mal in dem Odner XY der war unterordner von YZ") man immer noch mal auf diese Weise suchen/finden kann.
2)
mit einem Duplikat-Finder aussieben. Da gibt es einige, ich hatte mal "Gemini" oder so ähnlich. Solche Apps helfen, das ist aber dennoch ein zeitraubender, mühsamer Prozess mit Nachdenken/Entscheiden. Das kann euch keine App abnehmen. Aber falls ihr irgendwas unabsichtlich löscht habt ihr ja immer noch das Backup aus Schritt 1)
3)
Neu strukturieren / Speichern.... tja. Da habt ihr jetzt ein neues Problem. Meine Vermutung (so wie Du den Zustand jetzt beschreibst) wäre die beste Lösung für sie: alles in iCloud Photos schmeißen und hoffen, dass die Bilder genügend sinnvolle EXIF-Metadaten haben (hauptsächlich: Aufnahmedatum, Aufnahmeort), dass sie sich von selbst einigermaßen sortieren (Notfalls, wenn viele Fotos gar keine EXIF-Daten enthalten, mit einem Editor vorher welche zumindest aus den Datei-Erstellungs-Daten generieren). Die Gesicht- und Objektserkennung von Photos.app wird immer besser, Texterkennung auch. Kann man wirklich mit arbeiten – ich finde ganz oft Bilder über den Ort, nicht über das Datum. Sowas wie separate Jahres- oder Projekt-Ordner auf Dateisystemebene würde ich nur noch Leuten empfehlen, die sowieso schon so arbeiten. Ich mache das hybrid – der ganze Privatkram ist in iCloud Photos (ich habe ausreichend Speicherplatz gekauft), Jobs oder größere Projekte mit viel RAW-Daten sind natürlich noch auf Dateisystemebene sortiert.