Wenn grundsätzlich so etwas auftritt, also ein Programm läuft nicht richtig, wie hier der Automator, dann kann man Folgendes festhalten:

1. Die Installation des Programms ist korrekt. Die Programm-Datei oder besser Programm-Paket ist nicht beschädigt. Eine Neuinstallation würde also nix bringen! Gilt natürlich auch Systembestandteile!
2. Es muss etwas was sein, was das Programm in Dateien sichert, also Einstellungen ("Prerefernce"-Ordner) oder im Cache-Ordner faul sein, die nur in deinem Benutzer-Ordner abgelegt werden.

Mein Ansatz wäre, mal mit EasyFind nach solchen Dateien suchen, die im "Preferences"-Ordner, "Cache"-Ordner und "Applikation Support"-Ordner liegen und Automator im Namen haben. Die Dateien mal auf den Desktop schieben und den Automator neu starten und testen. Fakt ist aber, die kaputte Datei befindet sich nur in deinem Benutzer-Ordner und vermutlich irgendwo dort im Library-Ordner. Der ist normalerweise unsichtbar. Aber über über "Gehe zu" im Finder erreichst du ihn.
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Grüße, M@rtin