Die Thematik ist immer mit Einarbeitung verbunden. Grundsätzlich würde ich Apple den Klotz nicht vor die Füße werfen wollen. Zumindest wird eine Variante seit sehr vielen Jahren unterstützt, und Apple Mail auf dem Desktop kann immer noch - mehr Recht als Schlecht, aber immerhin - mit Plugins erweitert werden.

Die Verwendung von Email-Verschlüsselung auf mobilen Geräten fällt von der Handhabung meist noch erheblich düsterer aus.

» Wieso verweigert sich Apple von Hause aus immer öfter offenen und weit verbreiteten Standards (wie z.B. PGP)?

Weil man nicht mehr ein paar Monate vor dem Bankrott steht und der Cash-Flow stimmt?

Ja, am Anfang tut es etwas weh, da man sich sehr an das "Look&Feel" von Mail.app gewöhnt hat.

Thunderbird birgt aber wesentlich mehr Möglichkeiten. Durch die immer engere Verknüpfung mit Enigmail wird auch PGP ständig besser händelbar. Wenn Du erstmal die die technischen Vorzüge von Thunderbird kennengelernt hast, wird Dir Mail.app bald wie ein hübscher, aber enger Käfig vorkommen. Ein kleines Beispiel: noch nie war die Einrichtung des Mailprogramms nach einem CleanInstall einfacher als mit Thunderbird: einen Ordner kopieren und alles lief wieder.

Apple schottet seine eigene Software immer weiter ab. Ich denke (und das ist kein macOS-Bashing), es ist ein guter Weg, wenn man sich weitestgehend von Apple-Software verabschiedet, um auch in Zukunft durch die Nutzung offener Standards flexibel bleiben zu können.

PS.: Durch Theme-Addons und die "userChrome.css" kann man sich die Optik durchaus noch aufhübschen.