Ganz genau wird dir das nur Google sagen können, aber:

Ein Programm besteht ja meistens nicht aus einem File, sondern aus vielen, die zum Teil auch in ganz anderen Ordnern liegen, wie beispielsweise Preferences, Caches, ... Wenn das eigentliche Programm nun die Preferences einlesen will oder dort etwas reinschreiben möchte, dann muss es ja den Pfad zu dieser Datei wissen. Wenn diese Datei nun aber relativ betrachtet von der Programmdatei woanders liegt, dann klappt das unter Umständen eben nicht.

Oft ist diese Pfadberechnung nicht so sauber gelöst, sondern dann wird nur gesagt, gehe zwei Verzeichnisse höher und dann in den Ordner xyz.

Adobe ist zum Beispiel eine Firma, die das völlig eigenwillig löst und im System Dateien verstreut, die sich an keine Konventionen halten. Bin gespannt ob sich das ändert, wenn die Programme im Store sind, weil es von Apple Regeln gibt wo was zu liegen hat.