Mein Late 2012 Mini (2,6GHz i7, 16GB, FusionDrive) hat(te) das auch. Das Gerät war mein HauptMac und hat irgendwann auch mit dem Rattern angefangen. Wirklich laut ist es nicht, aber wenn ansonsten alles ruhig ist nervt es einerseits doch. Andererseits hat es mich wahnsinnig gemacht, wenn die Festplatte Geräusche macht, obwohl keine Zugriffe stattfinden. Und soviel aufzuräumen gibt es nicht, als dass es ein Indizieren oder so wäre.
Irgendwann ging dann die mechanische Festplatte kaputt. Ich konnte aber die mechanische Platte austauschen und das Fusion Drive samt Daten wiederherstellen. In meiner Erinnerung (bin nicht ganz sicher) war dann erst mal Ruhe. Leider nicht lange. Dann begann das Rattern auch mit der neuen Platte wieder.
Mittlerweile ist der Mac "nur" noch mein WohnzimmerMac, wo das Rattern noch mehr auf den Wecker ging. FestplattenTools wie DriveDx konnten kein klares Problembild geben und ich wurde wieder nervös. Deshalb habe ich vor zwei Monaten eine große externe USB-Platte hergenommen, die Daten weggesichert, das FusionDrive aufgetrennt, die mechanische Platte abgeklemmt und die notwendigen Daten nur auf die SSD zurückgespielt. Eigentlich schade, da ich so nicht 1TB Platz habe, sondern nur 256 GB. Aber es hat sich gelohnt: Jetzt läuft der Mini wieder geräuschfrei nur mit der SSD und ich hab meine Ruhe. Und weils nur noch der WohnzimmerMac ist, reichen die 256GB auch.

Solltest Du noch eine Lösung finden, bitte hier posten (oder gleich ne PN), daran wäre ich auch interessiert, aber ich hatte beim Googlen nix gefunden.