Leider die falsche Antwort – der support von CCC/bombich hat mich auf den richtigen weg geführt:

Die CCC-preferences liegen eben nicht in der user-Library (/Users/USERNAME/Library/Application\ Support/com.bombich.ccc) , sondern in der allgemeinen Library (/Library/Application\ Support/com.bombich.ccc ).

Das erklärt auch warum die preferences weg waren – auser meinem user-ordner hatte ich ja nichts mit dem "MigrationAssistant" wiederhergestellt.