Zumindest drei der Programme erstellen die PDFs nicht selbst...

...sondern verwalten Sie nur. Trotzdem diese Probleme. Außerdem treten die Probleme erst seit Sierra auf. Das lässt vermuten, das das Problem nicht an den Programmen liegt, sondern am OS.

Und das ist insofern sehr ärgerlich weil PDF ja nun mal keine Randerscheinung im Alltag ist.