Ich verwende Apple Mail unter OS X 10.11 (El Capitan) mit Exchange 2013 problemlos.
Das einzige, was hier mit dem Mac an Exchange nicht funktioniert, sind Kalendereinladungen (inkl. Stellvertretungen u.ä.), wenn im Verzeichnisdienst (Active Directory) verschachtelte Gruppen angelegt wurden.
Die "Envelope Index"-Dateien findest Du in Deinem Home-Verzeichnis unter:
~/Library/Mail/V3/MailData/...
Die "Envelope Index"-Dateien findest Du in Deinem Home-Verzeichnis unter:
~/Library/Mail/V3/MailData/...