Im Druck dürften die NIE auftauchen, Geht in der Bildschirmdarstellung meistens weg wenn man mit der Einstellung "Linien Glätten" rumspielt (gibt es unter dem oder ähnlichem namen in den meisten PDF-Darstellungs-programmen).

PDFs die höher als PDF 1.3 abgespeichert werden (also PDF 1.4...) brauchen die transparenzen nicht zu reduzieren, die bleiben erhalten, da gibts auch keine Kästchen. Kann aber ärger mit der Druckerei geben.

Wenn das aber PDFs nur für den Bildschirm oder Home/Office-gebrauch sind kannst du bedenkelos PDF > 1.3 ausgeben.

kann man gut im Cleverprinting-Handbuch nachlesen (das zu haben ist eigentlich sowieso ein Muss):
http://www.cleverprinting.de/downloads