Noch eine Möglichkeit im Terminal:

In das Verzeichnis mit der Datei wechseln:
cd /verzeichnis/mit/der/datei

Die inode-Nummer auslesen:
ls -i datei

Mittels find und dieser Nummer die Datei löschen:
find . -inum xxx -delete

Beispiel:
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  1. $ cd ~/Downloads/
  2. $ ls -i Zu_loeschende_Datei
  3. 5848064 Zu_loeschende_Datei
  4. $ find . -inum 5848064 -delete